Margaretha Merian machte die Kleinkinderschule zu St. Elisabethen, den Kindergarten neben der Elisabethenkirche, zu ihrem eigenen Stiftungsprojekt. Die Schule für etwa 200 Kinder im Alter von drei bis sechs Jahren wurde finanziert durch Vereinsgelder und Schulgelder, hauptsächlich jedoch durch Margaretha Merian. Kindergärten waren Mitte des 19. Jahrhunderts in Basel eine neue Erscheinung, und ihr Zweck war noch umstritten. Margaretha Merian stand fest auf der konservativ-christlichen Seite und richtete einen streng evangelisch-reformierten Unterricht ein. Sie beanspruchte auch die Leitung für sich und geriet in Konflikt mit dem Kanton, der eine eher spielerische Pädagogik befürwortete.

Nach Margaretha Merians Tod im Jahr 1886 fiel der Kindergarten testamentarisch der CMS zu. Die Stiftung führte den Betrieb bis 2014 weiter, ab 1987 nach den Grundsätzen der Montessori-Pädagogik. Die im Jahr 1881 errichtete Kindergartenstiftung wurde in der Folge zum Margaretha Merian Fonds, der weiterhin der Förderung von Kleinkindern dient. Die CMS hat in der Vergangenheit mehrere Einlagen in die Stiftung getätigt.

Die Stiftung von Margaretha Merian ist auf Dauer angelegt, nur die Erträge des Fonds dürfen verwendet werden.