Privatrechtliche Stiftungen in der Schweiz werden von einer staatlichen Institution beaufsichtigt. Die Aufsicht überprüft, ob die rechtlichen Bestimmungen durch die Stiftung eingehalten werden. Die DS-CMS untersteht der Aufsicht der BSABB BVG- und Stiftungsaufsicht beider Basel. Sie ist eine öffentlich-rechtliche Anstalt der Kantone Basel-Stadt und Basel-Landschaft mit eigener Rechtspersönlichkeit. Die Anstalt hat ihren Sitz in Basel.

Der Stiftungsrat der DS-CMS führt die Stiftung strategisch und tagt einmal monatlich. Er ist identisch mit der Kommission der Christoph Merian Stiftung (CMS).

Der Bürgerrat, die Exekutive der Bürgergemeinde, wählt die sieben Mitglieder der Stiftungskommission, zwei davon aus dem Kreis des Bürgerrats selbst, diese haben das Präsidium und die Statthalterschaft inne.

Dr. Lukas Faesch, Präsident
Canan Özden, Statthalterin
Dieter Burkhard
Christian Egeler
Dr. Thomas Gelzer
Markus Lehmann
Martin Lüchinger